Kantor pengurus pusat Muhammadiyah awalnya berada di Yogyakarta. Namun pada tahun 1970, komite-komite pendidikan, ekonomi, kesehatan, dan kesejahteraan berpindah ke kantor di ibukota Jakarta.

Struktur Pimpinan Pusat Muhammadiyah terdiri dari lima orang Penasehat, seorang Ketua Umum yang dibantu tujuh orang Ketua lainnya, seorang Sekretaris Umum dengan dua anggota, seorang Bendahara Umum dengan seorang anggotanya.[3]

Muhammadiyah juga memiliki beberapa organisasi otonom Muhammadiyah, yaitu: [4]